土壌汚染対策法（2003年２月施行）に基づき汚染状況の調査を行う機関。同法は、土壌汚染の状況の把握に関する措置と、その汚染による人の健康被害の防止に関する措置などを定めることで、土壌汚染対策を実施し、人間の健康保護を目的としている。指定調査機関は、1) 特定有害物質を製造、使用または処理する施設の使用が廃止された場合、2）土壌汚染による健康被害が生ずるおそれがある場合、などに調査を行う機関で、企業などの申請を受けて環境大臣が指定・登録する。登録数は2008年１月23日現在、全国で1661機関あり、その業種は地質調査業や建設コンサルタントなど多岐にわたっている。一方、指定調査機関の指定の基準は、「土壌汚染状況調査の業務を適確かつ円滑に遂行するに足りる経理的基礎及び技術的能力を有するものとして、環境省令で定める基準に適合するものであること」とされ、その登録要件は書類審査のみであるため、登録機関の技術レベルや信頼性にバラつきがあるという指摘もある。このため、環境省は指定要件の見直しなども視野に入れた検討を進めている。なお、土壌汚染対策法の規定に該当しない汚染状況調査の場合は、指定調査機関に登録されていなくても実施できる。
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