過去に失われた自然を積極的に取り戻すことを通じて、生態系の健全性を回復することを直接の目的とする事業のこと。単に景観を改善したり、特定の植物群落を植裁したりするのではなく、地域生態系の質を高めて生物多様性の回復を目指すものだ。たとえば、河川では、直線化した川筋を蛇行した流れに戻すことによって湿原の回復をはかったり、都市臨海部における干潟の再生や森づくりをしたりする事業があげられる。地域固有の生物保全のためには、中心となる保護地域の保全だけではなく、広い地域にわたる生態的ネットワークの形成が重要となる。自然再生事業は、この生態的ネットワークを形成していく上でも有効な手段となる。国土交通省と環境省は、自然再生推進法（2002年）に基づき、多様な主体の協議と合意のもとで実施される自然再生事業を新規事業として創設した。生態系は複雑で変化するため、自然再生事業を進める上では、生態系に関する十分な事前調査、事業着手後の継続的モニタリングを行い、事業にフィードバックしていくことが重要になる。また、生態系の回復は自然の回復力でなされるもので、長い時間がかかる。自然生態系は微妙なバランスの上に成立しており、それぞれの地域の条件に応じた丁寧な手法により、自然の再生・修復を進めていくことが必要だ。さらに、河川と湿原など複合的な生態系を対象とする場合があるため、関係省庁や団体が連携して効果的・効率的に進めることが必要だ。また、調査計画から事業実施、維持管理まで、国や地方自治体、専門家、地域住民、ＮＰＯ、ボランティアなどさまざまな主体が参画し、自然に関する過去の状況や現況、地域の産業動向といった科学的・社会的な情報を共有しながら進めていくことが重要になる。
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